Zvýšený zájem veřejnosti o regionální dějiny můžeme zaznamenat na konci 19. století v souvislosti s konáním národopisné výstavy v Praze v roce 1895, kdy byly ve větších místech našeho regionu utvořeny výstavní výbory, které shromažďovaly historické předměty všeho druhu, včetně historických písemností. Tyto materiály se později staly základem pro vznik regionálních muzeí.
Základy Státního okresního archivu v Nymburce tvoří zejména archivy zdejších měst a městeček. Péče o nejstarší písemnosti města Nymburk (městskou registraturu) byla svěřena Muzejnímu spolku v Nymburce, Hellichovo muzeum v Poděbradech, založené v r. 1902 lékárníkem Janem Hellichem, pečovalo o písemnosti města Poděbrady. V Sadské a Lysé nad Labem pečovali o městské písemnosti městští archiváři.
K vybudování samostatného Okresního archivu v Nymburce dochází až v r. 1952, kdy byl tehdejší středoškolský profesor PhDr. František Forst pověřen soupisem archiválií uložených v nymburském městském muzeu pro potřeby Krajského archivu MV v Praze. Ke jmenování PhDr. Fr. Forsta okresním archivářem došlo k 1. listopadu 1952. Archivní fondy, uložené v městském muzeu v Nymburce, byly delimitovány do nově utvořeného okresního archivu, kam byly postupně sváženy i vybrané písemnosti tehdejších národních výborů a dalších institucí okresu Nymburk. Do městských archivů v Sadské (archivář Adolf Němeček) a v Lysé nad Labem (archivář Václav Tumpach) byly soustředěny i písemnosti místních škol, úřadů a dalších institucí. Postupně byly tyto materiály převáženy do vzniklého Okresního archivu v Nymburce, který byl umístěn nejprve v Nymburce v přízemí domu č.p. 165, později v domě č.p. 5/125.
Současně se vznikem Okresního archivu v Nymburce vznikl v r. 1953 v tehdejším okrese Poděbrady i Okresní archiv v Poděbradech. Sídlil v budově poděbradského proboštství, jeho dlouholetým archivářem byl Jaroslav Richter. I do tohoto okresního archivu byly soustřeďovány vybrané písemnosti tehdejších národních výborů a dalších institucí a delimitovány archivní fondy tehdejšího Hellichova muzea v Poděbradech.
V souvislosti s rozsáhlou územní reorganizací v r. 1960 vznikl nový okres Nymburk. Bývalý okres Nymburk byl spojen s okresem Poděbrady, do nově vzniklého okresu byly začleněny i některé obce okresu Český Brod (Břístev, Černíky, Hořany, Chrást, Kounice, Poříčany, Přerov nad Labem, Semice, Starý Vestec, Tatce, Velenka a Vykáň), okresu Jičín (Doubravany, Hasina, Košík, Pojedy, Rožďalovice se svými sloučenými obcemi Podolí a Zámostí, dále Seletice, Sovolusky, Tuchom a Žitovlice) a okresu Mladá Boleslav (Jiřice). Naopak některé obce původního okresu Nymburk byly začleněny do okresu Mladá Boleslav (Čachovice, Lipník, Struhy, Vlkava a Všejany).
Proběhla rozsáhlá delimitace archivních fondů mezi jednotlivými okresy, množství písemností uložených v Okresním archivu v Nymburce značně narostlo, a proto bylo uvažováno o novém umístění archivu. V Nymburce byly okresnímu archivu přiděleny zcela nevhodné prostory v suterénu Husova sboru, podstatná část archiválií byla umístěna do suterénu budovy bývalého augustiniánského kláštera v Lysé nad Labem. Množství písemností neustále narůstalo, a tak v polovině 80. let minulého století byly písemnosti okresního archivu uloženy na několika místech okresu:
- v budově bývalé školy v Jizbicích
- v přízemí budovy proboštství v Poděbradech (do 31. 12. 1989)
- v suterénu budovy Husova sboru v Nymburce (do 30. 6. 1994)
- ve dvou budovách školy v Kostomlatech nad Labem
- v budově bývalé školy v Hroněticích
- v budově bývalého augustiniánského kláštera v Lysé nad Labem.
Obrat nastal v r. 1995, kdy byla zahájena rozsáhlá rekonstrukce budovy bývalého augustiniánského kláštera v Lysé nad Labem. Pro potřeby okresního archivu byly postupně získávány další prostory budovy, které v minulosti sloužily jako technické zázemí nebo byty zaměstnanců Domova důchodců, umístěného ve vedlejší budově zámku. Budova kláštera byla v jedenácti etapách v letech 1995 – 2001 rekonstruována (včetně opravy střechy a fasády). V současné době je majetkem SOA v Praze a je téměř celá využívána Okresním archivem Nymburk, od r. 1992 přejmenovaném na Státní okresní archiv Nymburk, od r. 2002 pak na Státní oblastní archiv v Praze - Státní okresní archiv v Nymburce se sídlem v Lysé nad Labem. Postupně byly zrušeny odloučené depozitáře v Jizbicích, Nymburce, Poděbradech a v jedné z budov v Kostomlatech nad Labem. Nejcennější materiály tak mohly být soustředěny pod jednu střechu.
Předpokládá se, že po úplném vystěhování technického zázemí Domova důchodců z budovy kláštera bude zrušen i druhý depozitář v Kostomlatech nad Labem a depozitář v Hroněticích.
Několik slov k historii budovy, která je zapsanou kulturní památkou v Ústředním seznamu kulturních památek ČR pod rejstříkovým číslem 1866
Budova, postavená v letech 1733 – 1739, měla pohnutou historii. Areál kláštera se rozkládá na místě, které od dávných dob zaujímaly sakrální objekty. Jako nejstarší z nich je zmiňována již v r. 1244 kaple sv. Desideria. V r. 1355 manželka Karla IV., Anna Svidnická, postoupila lyskou faru augustiniánskému klášteru na Karlově v Praze, který zde zřídil klášter s pěti řeholníky. Tento klášter však byl za husitských válek, zřejmě r. 1421, zbořen.
Při jižní straně rotundy sv. Desideria stával pozdně gotický kostelík, který je v r. 1528 připomínán v majetku Kateřiny Smiřické, ale stál zde patrně již dříve.
V letech 1700 – 1704 byla k jižní straně kostelíka přistavěna Loretánská kaple a vybudováno nízké řádové obydlí pro 6 řeholníků – bosých augustiniánů.. Nekvalitně postavená budova hrozila neustále zřícením, a proto p. Amandus začal uvažovat o stavbě nové klášterní budovy. Plán nové budovy vypracoval pražský architekt Bartoloměj Scotti, se stavbou se začalo 25. 6. 1733. Během stavby byla zbořena kaple sv. Desideria i za pozdně gotický kostelík. Rezidenci se podařilo dokončit až v r. 1739. Dostavba byla prováděna již pod vedením architekta Anselma Luraga, který také zahájil v r. 1739 stavbu nového barokního klášterního kostela. Kostel byl vysvěcen dne 20. 8. 1741.
Bohužel, historie kláštera neměla dlouhého trvání. Josefínskému rušení klášterů augustiniáni z Lysé bezprostředně ušli, ale existence kláštera se prodloužila jen o nepříliš dlouhou dobu, protože zákaz přijímání nových členů podlomil kořeny jeho existenci. Klášter byl dekretem ze 17. 10. 1811 zrušen a k jeho faktickému zániku pak došlo r. 1812.
Po různých nesrovnalostech byla budova bývalého augustiniánského kláštera i Loretánská kaple, na základě donační listiny hraběte F. A. Šporka z r. 1713, dne 20. 3. 1821 vrácena zástupci majitelů panství. Budova byla užívána jako úřednický dům s kancelářemi a byty pro vrchnostenské úředníky. Z kostela se stala kontribuční sýpka. V r. 1891 byl kostel zbořen, na uvolněném prostranství byl zřízen velký dvůr a postaveny konírny.
Klášter byl (spolu ze zámkem ) v r. 1939 prodán posledními majitelkami panství, princeznou Thurn Taxisovou a Marií hraběnkou Černínovu, Protektorátu Čechy a Morava. Stát budovy koupil za účelem zřízení domova válečných invalidů.
Později byl v obou budovách zřízen internát pro dorost stavebního průmyslu, poté budovy do své správy převedlo ministerstvo národní obrany. Po odchodu vojáků byl v budově zámku zřízen Domov důchodců a do suterénu kláštera umístěn Okresní archiv Nymburk.